Es el máximo órgano de alta dirección. Su responsabilidad es trazar las políticas generales de la Institución y tomar las decisiones que le corresponden de acuerdo con el Estatuto General.

El Consejo deFundadores estará conformado por las personas que firmaron el acta de constitución de la Fundación Universitaria Salesiana Estatutos Generales, artículos. 22-24

Es un órgano de alta dirección la Institución y ejercerá sus funciones de acuerdo con el Estatuto General en el marco de la Misión y del Proyecto Educativo Institucional – PEI.

Le corresponde a este, entre otras funciones, dar orientaciones generales para el desarrollo y adecuado funcionamiento de la Institución; así como promover su estabilidad y consolidación de acuerdo con los principios y normas que le son propios y los correspondientes a la Congregación Salesiana, todo ello, en el marco de las exigencias de Ley.  También le corresponde orientar la forma de establecer el diálogo entre los diferentes campos del conocimiento; así como entre fe y ciencia; fe y culturas; ciencia y ética.

La conformación de este Consejo y sus funciones está contenida en los Estatutos Generales artículos 25-28.

Es el órgano encargado de la planeación, dirección y control de las actividades académicas de la Institución. Le corresponde, entre otras funciones, la generación de lineamientos sobre la política académica, la adopción de las decisiones académicas necesarias para el buen funcionamiento de la Institución y el mejoramiento de la formación, la enseñanza, la investigación y la proyección social, en el marco de la Misión y del PEI. También está encargado de decidir sobre la creación, modificación o supresión de programas curriculares

Estatutos Generales, artículo. 35-38.