Es un órgano de alta dirección la Institución y ejercerá sus funciones de acuerdo con el Estatuto General en el marco de la Misión y del Proyecto Educativo Institucional – PEI.

Le corresponde a este, entre otras funciones, dar orientaciones generales para el desarrollo y adecuado funcionamiento de la Institución; así como promover su estabilidad y consolidación de acuerdo con los principios y normas que le son propios y los correspondientes a la Congregación Salesiana, todo ello, en el marco de las exigencias de Ley.  También le corresponde orientar la forma de establecer el diálogo entre los diferentes campos del conocimiento; así como entre fe y ciencia; fe y culturas; ciencia y ética.

La conformación de este Consejo y sus funciones está contenida en los Estatutos Generales artículos 25-28.